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以下是種花的戰績

歷年事故自1969年至今，華航所發生的空難事故已經造成806名乘客以及機組人員罹難，在過去飛安紀錄的評價不佳（僅優於大韓航空），但近年來已經有改善。

1969年1月2日：華航CI227班機，機型道格拉斯DC-3，原訂由花蓮機場經台東豐年機場飛往高雄國際機場，途中因機長抄近路遇亂流，撞毀於大武山上，機上24人全數罹難，這是華航第一次失事。

1970年8月12日：華航CI206班機，機型YS-11，原訂由花蓮機場飛往台北松山機場，降落前撞毀在銘傳商專後山，14人死亡，17人生還。

1980年2月27日：華航CI811班機，機型波音707，原訂由台灣桃園國際機場飛往馬尼拉國際機場，因降落時角度過大、空速過快，起落架折斷並起火，2人死亡，133人生還。

1985年2月19日，華航CI006班機，機型波音747SP，由桃園中正機場飛往洛杉磯國際機場途中，途中飛機遭遇亂流造成引擎失靈，之後由於一連串小故障以及設計錯誤，飛機在雲層中翻滾，兩分鐘內下降了9000英尺，幾乎墜海。由於飛機受到的應力極大，導致機上液壓燃料、起落架不能收回，機尾部分被扯破。奇蹟的是，飛機在翻滾下降中，其速度已經超過其設計最大可操作速度，機長還是奇蹟似的讓飛機在約9000英尺處拉平並平安降落。

1986年2月16日：華航CI2265春節加班機，機型波音737-200，飛機在馬公機場復飛失敗墜海，13人死亡。

1989年10月26日：華航CI204班機，機型波音737-200型，原訂由花蓮機場飛往台北松山國際機場，起飛後不久後撞山墜毀，機上54人全數罹難。

1991年12月29日：華航CI358貨機，機型波音747-200F型貨機，因為引擎脫落，在台北縣萬里鄉山區墜毀，正副駕駛及飛航工程師（含長程航線替換的飛行員）5人殉職。該機曾在1986年5月3日執行CI334班機任務時，遭機長王錫爵劫往中國大陸。

1993年11月4日：華航CI605班機，機型波音747-400，在香港啟德機場著陸時衝出跑道落海，23人受傷。

1994年4月26日：（華航名古屋空難）華航CI140班機，機型空中巴士A300-600R，在日本名古屋降落時，由於負責操作的副駕駛誤觸自動重飛的開關，機長接手後又沒有解除電腦程式，導致駕駛員與電腦互搶控制權而失控墜毀，造成264人罹難。

1998年2月16日：（華航大園空難）華航CI676班機，機型空中巴士A300-600R，自印尼峇里島飛返中正機場，降落時因偏離航道，機長打算重飛而拉起機頭，卻未注意到速度不足不可拉大攻角，當場失速墜毀於鄰近道路並衝進民宅。造成包括機上196名乘客、機組員及地面上6人共202人死亡。

1999年8月22日：華航CI642班機，機型麥道MD-11，在颱風吹襲時降落香港國際機場南跑道時。因飛機側風降落，且駕駛未注意下降速度過高，著地前沒有調平角度而右輪先著地，起落架當場折斷，緊接著右邊機翼折斷，全機向右翻滾漏油爆炸，機腹朝天並發生嚴重
大火，造成3人罹難，213人傷。

2002年5月25日：（華航澎湖空難）華航CI611班機，機型波音747-200，自中正機場飛往香港途中，由於該機22年前降落曾經意外撞壞過的傷痕未按照波音公司規定規定進行修復，導致長年在高空壓力下金屬疲勞，裂隙迅速擴大，於澎湖外海上空解體墜海，機上225名乘客及機組員罹難。亦因為空難發生時正值台港航權談判期間，華航唯有依從規定在空難一年內不得參與分配航權。

2007年8月20日，華航CI120班機，機型波音737-800，上午8點15分從台北出發，於9點半抵達日本沖繩那霸機場，降落後於停機坪等待接駁巴士時油箱漏油導致起火，並在約起火兩分鐘後爆炸。飛機起火後冒出大量濃煙，機身嚴重焚燬並斷成多截，消防員利用化學泡沫將火撲滅。日本國土交通省與華航皆表示165名乘客包括機組人員全無生命危險，僅有2名機員及1名乘客受傷送院。事件導致美國聯邦航空局（FAA）罕見發出緊急指令要求全球航空公司緊急檢查同型號新一代737客機的止檔螺帽部份，有否相同問題發生。之後的飛安報告指出「事故起因於波音的設計瑕疵」，而非航空公司人為疏失導致。